Сезон 1
Состоит из 22 серий.
Сидни Бристоу была первокурсницей факультета английской литературы, когда к ней обратились с предложением работать на организацию СД-6 ( «тайная» часть ЦРУ), руководителем которой являлся Арвин Слоан. Она приняла предложение и быстро стала оперативником СД-6. СД-6 располагался в подвальных этажах здания банка «Кредит Дофин», в котором Сидни якобы работала программистом. В первой серии, спустя семь лет после начала её работы на СД-6, она сообщает своему жениху Дэнни, о том, что она шпионка. В СД-6 узнали об этом, в результате чего Дэнни был убит.
После убийства Дэнни Сидни не появлялась на своей работе, и СД-6 начало на неё охоту. Спас Сидни её отец — Джек Бристоу, с которым она не виделась много лет и который также был агентом СД-6. Отец рассказал Сидни о том, что СД-6 — не часть ЦРУ, а террористическая организация, филиал Союза Двенадцати. Все агенты-новички считали, что работают на ЦРУ, но лишь агенты с высоким уровнем доступа знали правду. Джек Бристоу был одним из них.
Сидни решается прийти в настоящее ЦРУ и рассказать о своей работе в СД-6. В ЦРУ её нанимают, как двойного агента, и закрепляют за ней куратора, агента ЦРУ Майкла Вона.
Так Сидни стала двойным агентом, основная задача которого — разрушение СД-6 изнутри. Как оказалось позднее, её отец также является двойным агентом. А её мать, Ирина Деревко, которая, как считала Сидни, погибла в автокатастрофе, на самом деле жива, и была агентом КГБ, приставленной к Джеку, чтобы шпионить за ним.
Главные сюжетные линии первого сезона включают:
тройная жизнь Сидни;
расследование смерти Дэнни Уиллом Типпином, другом Сидни;
поиск матери Сидни;
дружба Сидни с Фрэнси и Уиллом;
романтичные отношения Фрэнси с Чарли;
развитие отношений Сидни с Майклом Воном, к которому постепенно растет доверие и любовь.
Первый сезон телесериала фокусируется на развитии характера Сидни, и позволяет аудитории с ней ближе познакомиться. Другие сезоны продолжают эти темы, с иногда появляющимися звездами первой величины, специально приглашенными гостями, на протяжении всего сериала.
Так как Сидни почти не знала свою мать, семья Слоанов — Арвин и Эмили — считали Сидни своей дочерью. Слоан был другом Джека, и оба они в молодости работали в ЦРУ.
В первом сезоне Сидни также обнаруживает свой портрет на одном из листов журнала Рамбальди, в дальнейших сезонах мать Сидни сказала ей, о том, что она избранная.
А вот окончание второго сезона я , кажется, пропустила
Сезон 2
Состоит из 22 серий.
Второй сезон начинается с появления Ирины Деревко, матери Сидни, которая вскоре становится важной частью сериала. В середине сезона, после уничтожения ценных данных на сервере Союза Двенадцати, СД-6 и другие филиалы союза были уничтожены, Сидни становится просто агентом ЦРУ, все еще преследующим Арвина Слоуна и его партнера Джулиана Сарка, занимающихся поиском артефактов Майло Рамбальди. Друзья Сидни из СД-6, Маркус Диксон и Маршалл Флинкман, узнали, наконец, что Сидни была двойным агентом, и тоже были завербованы в ЦРУ.
Сидни и Вон теперь могли не скрывать свои чувства друг к другу от окружающих. Они стали встречаться. Уилл Типпин, друг Сидни, работавший журналистом в газете, после опубликования своей статьи об СД-6, вынужден был уволиться и признать свою статью вымыслом, чтобы остаться в живых. После разгрома СД-6 Майкл Вон давал некоторые мелкие поручения Уиллу, так как тот не мог найти работу из-за своей репутации. Фрэнси открыла свой ресторан, и Уилл помогал ей в ресторане.
Во второй половине сезона, Фрэнси Калфо, лучшая подруга Сидни, была убита и заменена Эллисон Дорин — женщиной, которая была преобразована в точную копию Фрэнси. Таким образом Эллисон получила возможность шпионить за Сидни и Уиллом. В конце сезона Сидни узнает об этом, и в ходе драки между «подругами» Фрэнси-Эллиссон возможно была убита, а Сидни теряет сознание. Сидни приходит в себя в квартале Гонконга, два года спустя, ничего не понимая и неспособная что-либо вспомнить за прошедшие два года. Вскоре она узнаёт, что её друзья и ЦРУ считают, что она мертва. Вон нашел новую любовь и теперь женат.
Сезон 3
Состоит из 22 серий.
В третьем сезоне действие происходит спустя два года после событий второго сезона, когда Сидни считали мертвой. Ее смерть подтверждалась совпадением ДНК найденного сожженного тела. На самом деле террористы захватили ее, после чего сожгли дом Сидни.
Сидни была похищена террористической организацией Гарантия, которая пыталась превратить её в наемную убийцу по имени Джулия Торн. В конечном счете, Сидни добровольно стерла свои воспоминания прошедших двух лет, с целью забыть некоторые из действий, которые она была вынуждена была совершить как Джулия Торн и гарантировать, что один из самых опасных артефактов Рамбальди никогда не будет найден.
Сидни возвращается в ЦРУ и начинает расследовать свое отсутствие. Арвин Слоан за это время был прощен и стал основателем и руководителем всемирно известной гуманитарной организации «Омнифам» в Цюрихе. Майкл Вон женился на агенте КМБ Лорен Рид. Лорен Рид в дальнейшем оказалась также членом Гарантии и любовницей Джулиана Сарка. КМБ играет роль правительственной организации, которая держит мощную неконтролируемую власть, с Гуантанамо-подобной тюрьмой, значительно влияя на ЦРУ.
Сидни узнаёт, что её мать и Арвин Слоан были любовниками, и Ирина родила ребенка. Она определяет местонахождение своей сестры Нади, захваченной Гарантией, вызволяет Надю из чеченской тюрьмы и спасает от смерти. Надя в рукописях Рамбальди указывается как Пассажир, и хранители Рамбальди тщательно охраняли тайну нахождения Пассажира.
Отец Вона был одним из агентов, убитым Ириной Деревко, который был адептом Рамбальди и участвовал в сокрытии Нади. Вон пробовал выяснить причины смерти своего отца, когда Сарк и Лорен захватили его в плен и стали пытать для того, чтоб выяснить место нахождения Пассажира.
После «казни» Слоана, он оказался скрытым от всех врагов. Слоан похитил Надю, посланника Рамбальди. Он вводил ей эликсир, созданный по описаниям Рамбальди, чтобы она передавала его сообщения в письменной форме.
В конце сезона, Сидни идет на миссию и сталкивается с Лорен Рид. После того, как они борются, Лорен начинает насмехаться над Сидни, говоря, что она знает информацию о ее прошлом. Когда Вон появляется, Сидни идет к нему, оставляя Лорен шанс напасть снова. Вон стреляет в Лорен, и она умирает, но прежде она успевает сказать Сидни номер
Сезон 4
Состоит из 22 серий.
Сезон 4 начинается, сценой, во время которой Сидни читает шокирующие, совершенно секретные документы, названные как «S.A.B. 47 Project». В фильме объясняется, что документ разрешает Джеку Бристоу казнить мать Сидни, которая заказала убийство Сидни. Первая страница документов указывает Сидни как «активный» субъект «проекта Рождество», который начался 17 апреля 1975 года, подписанный Джеком, как руководителем проекта.
Сидни присоединяется к новому сверхсекретному подразделению ЦРУ, скопированному по принципу СД-6 и управляемому Арвином Слоаном, бывшим руководителем СД-6. Новое подразделение APO (ПВВ) («посторонним вход воспрещен»): все члены подобраны Слоаном, включают почти всех героев от предыдущих сезонов, включая Джека, Вона, прежний напарник Сидни (в третьем сезоне директор ЦРУ) Маркус Диксон, компьютерный и технический гений, Маршалл Флинкман, и лучший друг Вона Эрик Вайс (принятый после спасения Сидни и Вона, которого считал уволившимся из ЦРУ). Дочь Слоана и сестра Сидни Надя Сантос также, в конечном счете, возвращается из Аргентины, где была агентом аргентинской разведки, чтобы присоединиться к ПВВ. APO — это подразделение свободно от бюрократических проволочек, официально не существующее, подконтрольное только руководителю.
В течение сезона, самозванец Арвина Слоана, в шутку названный «Арвин Клон», приобретал технологии, чтобы осуществить предсказанный Рамбальди апокалипсис. Использовав «Омнифам», реальный Слоан загрязнил всемирную питьевую воду химикалиями, которые приносили чувства мира и спокойствия. Однако, эти чувства могут быть полностью изменены с устройством Мюллера «Сферой». Третья сестра Деревко, Елена, построила гигантское устройство Мюллера в российском городе Совогде (вымысел), которое привело жителей в безумие. Сидни, Джек, Слоан, Ирина, Надя, Вон приземляются в Совогде, уничтожают устройство и убивают Елену. Надя была заражена и стала безумной. Она стала бороться с Сидни, не давая разрушить «Сферу», и Слоан вынужден был стрелять в свою дочь. Надя оказалась в коме и для неё безуспешно искали лекарство. Ирина убегает снова. Все жители 100-тысячного города Совогда погибли, как в фильме Обитель зла.
Сезон заканчивается тем, что Сидни и Вон едут в Санта-Барбару на романтический отдых. Во время поездки Вон доверяет Сидни шокирующий секрет: его зовут не Майкл Вон; их встреча не была совпадением; и что он двойной агент. Прежде, чем он договорил, другой автомобиль врезается в них.
Сезон 5
Состоит из 17 серий.
Пятый сезон начинается с похищения Вона. Сидни узнает, что Вона подозревали в том, что он двойной агент и что автокатастрофа, возможно, было прикрытием для его извлечения. Вон позднее спасается и объясняет Сидни, что его реальное имя — Андре Мишо. Он рассказывает Сидни, что занимается расследованием, связанным с секретной организацией. Эта организация, известная под названием Пророк Пять, связана со смертью его отца. Во время выполнения задания по похищению книги Рамбальди о Пророке Пять (в честь этой книги была названа организация), Сидни звонит доктор и сообщает об её беременности. (Сценарий был изменен, чтобы беременная актриса могла сниматься). В Вона стреляют по приказу Гордона Дина из Пророка Пять. Четыре месяца спустя Сидни продолжает расследовать убийство Вона. Чтобы раскопать деятельность Пророка Пять, Сидни работает с наёмной убийцей и партнёршей Вона — Рене Риенн. В то же самое время проявляется Дин и его преступная организация «Амбар», замаскированная, подобно СД-6, под секретное подразделение ЦРУ.
Вайс получает новую работу в Вашингтоне, а Надя все еще в коме. Им на смену в АРО появляются два новых члена команды: Томас Грас — нахальный молодой агент, и Рэйчел Гибсон «Пересмешник» — компьютерная специалистка, которая, подобно Сидни, была обманута, считая, что работает на ЦРУ в подразделении «Амбар» у Дина.
В продолжение сюжета, Арвин Слоан следует своей навязчивой идее, ища лечение для Нади. Слоан был заключен в тюрьму из-за своих действий в течение четвёртого сезона; однако, он был освобожден, благодаря влиянию Дина на комитет по приговорам. В обмен на свободу Слоан теперь должен работать на Дина из Пророка Пять в APO. Не зная этих фактов о Слоане, Джек позволяет ему присоединиться к APO и использовать его ресурсы, чтобы искать лечение для дочери. Благодаря лекарству от Рамбальди, Надя выздоравливает.
Пророк Пять похищает беременную Сидни. Они гипнотизируют её, Ирина получает ложную информацию о местонахождении Горизонта (ещё один артефакт Рамбальди) и узнает о том, что Вон жив. Ирина поручает своим людям заботиться о ней.
Ирина, Джек и Сидни вместе отправляются на поиски Горизонта. В банке, где хранился артефакт, Сидни рожает, а Ирина сбегает с Горизонтом.
Сидни и Надя рады снова быть вместе, они ухаживают за ребёнком, гуляют в парке с коляской, и есть надежда, что Слоан изменится в лучшую сторону. Но Слоан начал опять исследовать Рамбальди, и в результате несчастного случая Надя гибнет.
Вон, тайно скрывавшийся в Непале, где залечивал огнестрельные раны, нанесённые Дином и его помощником. Анна Эспиноза стала точной копией Сидни, так же как когда-то Эллиссон Дорин стала Фрэнси. Слоан помог Анне Эспинозе выдавать себя за Сидни, рассказав подробности о её жизни. После гибели Рене из неё извлекли половинку микрочипа с надписью имени Вона — Андре Мишо. Клон Сидни нашла Вона в Непале, а настоящая Сидни опоздала к нему. У Вона в груди нашли вторую половину микрочипа с надписью «Рене». Соединив половинки, они получили информацию о нахождении бункера времен холодной войны в Германии. В бункере было обнаружено много документов и дел о Пророке Пять. Убив своего клона, Сидни стала выдавать себя за Анну Эспинозу. Помощники Слоана — Пейтон, бывшая помощница Гордона Дина, и Сарк уничтожили 12 глав альянса Пророка Пять. Они взрывают офис APO, Томас Грас при этом гибнет.
В конце сериала выясняется, что окончательная цель Слоана — это бессмертие, из-за которого он потерял Надю, убил много невинных людей в поисках артефактов Рамбальди, по его вине погибли жители Совогды. Однако, он, получив бессмертие, оказывается в ловушке навсегда в могиле Рамбальди в Монголии. Смертельно раненный Джек жертвует собой, взрывая могилу, чтобы отомстить за всю боль, которую Слоан причинил Сидни за эти годы. Сидни выслеживает Сарка и Горизонт в Гонконге, и находит Ирину. Ирина и Сарк планировали устроить очередной апокалипсис. После заключительного сражения между Сидни и её матерью, Ирина погибает.
Сериал заканчивается эпизодом спустя несколько лет. Сидни и Вон женаты, живут в доме на берегу океана, на отдыхе, с двумя детьми, дочерью Изабеллой и сыном Джеком, названным в честь отца Сидни. Дочь Изабелла показывает ту же способность пройти испытание в ЦРУ (собирает кубики в башню), которую отметили ранее врожденные навыки Сидни, для того, чтобы быть идеальным агентом. Однако после завершения головоломки, она рушит её, это возможно говорит о том, что она не будет следовать по шагам своей матери. Директор Диксон приходит к ним в гости и приглашает принять участие в новом задании.
Титры в конце: «Спасибо за невероятные пять лет».